@DirkG hat viele wichtige Infos geliefert – als Ergänzung noch wie ich es gelöst habe (seit mehr als 1 Jahr im Betrieb):
System, welches nur einzelne Räume bzw. Kreisläufe EIN oder AUS schaltet. Sprich es hat Durchfluss oder keinen. Der Durchfluss am Stellantrieb selber ist überall “gleich offen” (den Durchfluss kann ich nicht messen, es fehlen die Anzeige “Reagenz-Gläser” - welche dies ermöglichen würden).
Ich könnte vermutlich wie von Dirk erwähnt das ganze System “richtig” einstellen (z.B. weniger Durchfluss bei den “wärmeren Räumen”) und dann würde das System keinen Eingriff mehr benötigen und es bräuchte auch keine Regelung 
Wieso habe ich es trotzdem gemacht?
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Hatte früher das gleiche in “analog” bzw. mit dem Drehregler in jedem Zimmer. Diese haben aber auch nur den Stellantrieb auf und zugemacht (keine Stufenregelung) und die Idee habe ich übernommen
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Beim Neubau gab es zum Basis-Preis keine individuelle Regelung pro Raum. Die wollten mir ein anderes System aufschwatzen - nope
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Die Thermostaten können auch die Feuchtigkeit messen (brauche ich für Warnungen, z.B. im Bad)
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Ich möchte natürlich gerne wissen, wie warm es in den Zimmern ist
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Natürlich weil es Spass machte 
Und so sieht das ganze aus
- rot = Kreisläufe Kühlung (super Farbe genommen…)
- blau = Kreisläufe FBH
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Danfoss Stellantriebe (NO)
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= wenn der rote Ring ausgefahren ist, heizt es nicht (irgendwo in den Anleitungen wurde empfohlen, NO zu nehmen) → die Kreisläufe sind zu
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Bedingt ein umdenken bei den Flows → das Relais “einschalten” heisst dann, den Durchfluss zu stoppen bzw. das heizen auszuschalten
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ZWater 2→ dies ist m.E. das Nachfolgeprodukt (hatte den normalen zwater mit 10 Ausgängen)
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Thermostat→ dies ist m.E. das Nachfolgeprodukt von meinem (habe den z-temp2)
Wenn der Controller dann mit dem Heat-It App verbunden wird, gibt es pro Ausgang ein Device (Die Namen irritieren am Anfang, deshalb gleich unbenennen)
Wir nun die eingestellte Temperatur erreicht, so stellt einfach der entsprechende Kreislauf ab (und der Stellantrieb des entsprechenden Kühlkreislaufes ein). Es läuft aber nur ein Modus, da die Wärmepumpe entweder heizt oder kühlt (schaltet selber um - ob rot oder blau durchlaufen wird).
Ist auch der Grund, warum ich einen riesen Advanced Flow habe und nicht die Funktionalität des Secondary Controller nutze. Nach meinem Verständnis werden dann die Schaltbefehle direkt vom Thermostat selber ausgeführt. Das wäre irgendwo hier in den Einstellungen zu speichern (als weitere Gruppe). Wäre die Kühlung direkt via FBH, dann hätte ich das gleich mit den Gruppen gemacht (es gibt eine Cooling Option irgendwo in den Einstellungen, damit er die Settings umkehrt).
Der Flow (Beispielhaft, wird auch immer in der Nacht 1x durchlaufen zum als Backup die richtigen Settings zu setzen) - müsste ich mal prüfen und ev. optimieren, aber never change a running system 
→ ich überprüfe auf “Temperatur hat sich geändert” und auf “Ziel-Temperatur” hat sich geändert. Dann wird oberhalb die FBH gesetzt (im EG nur 1 Thermostat für alle Kreisläufe dort) und unten die Kühlung Stellantriebe
Der Elektriker hat mir die Controller montiert und falsch mit den Stellantrieben verkabelt (trotz genauer Anleitung…) → die habe ich dann selber noch richtig angeschlossen. Empfehle ich alles vom Elektriker zu machen! Ich hatte einfach keine Geduld bzw. musst ich nur noch die N Leitungen korrekt anschliessen… Achtung 230 V!!!
Die Thermostaten sind dann auch eigene Geräte im Homey
→ nutze die Modi nicht mit Heating etc… Nur IST / SOLL und Luftfeuchtigkeit
Was habe ich noch gemacht?
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Wenn es einen Stromausfall gibt oder eine Z-Wave Meldung mal nicht ankommt - ist nicht immer sicherstellt, das der Stellantrieb das korrekte Setting hat (Bsp. Signal off dazwischen geschickt aber beim Controller nicht angekommen) → hab da einen wöchentlichen check welcher die Stellantriebe wieder “korrekt” einstellt (+ dieser Mitternachts-Modus)
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Weiter läuft täglich ein Homey-Script, welches prüft, ob jeweils innert 24h ein Update der Thermostate bei Homey ankommt sowie eine Meldung, wenn die Batterie unter 25% fällt
- Ich tausche dann die (aufladbaren) AA Batterien frühzeitig
Fazit: Vermutlich vieles ein Overkill… Aber bin happy damit und normalerweise sind auch nicht immer alle Stellantriebe offen (wie aktuell auf dem Bild - ist halt nur gerade sch**** warm geworden hier) 
Ergänzung:
- Es braucht ein stabiles Z-Wave Netzwerk! Die Thermostaten selber tragen nicht zum mesh bei (siehe Auszug unten - da gibts teils viele “hops”)
- Bei mir gelöst, da ich hinter jedem Lichtschalter ein Fibaro habe