Was heißt mittlerweile? Waren die Probleme schon immer da, oder erst nach irgendwelchen Updates (FW / App). Oder begannen die Probleme nach der Installation gewisser Hardware? Oder, oder, oder…?
Generell empfehle ich die automatischen Updates immer zu deaktivieren, sowohl für die Homey FW als auch für die Apps, und Updates händisch zu starten. Wenn man auf der Startseite der Homey App z.B. die Benachrichtigungsoptionen für FW-Updates deaktiviert hat, bekommt man überhaupt nicht mit, ob und wann ein FW-Update durchgeführt wurde und man wundert sich, dass gewisse Sachen nicht mehr funktionieren.
Zu Pkt. 1
Neben dem bereits von @Undertaker erwähnten möglichen Problem bzgl. der Osram/Ledvance Geräte, kann es natürlich auch sein, dass ein ZigBee oder Haushaltsgerät (z.B. Trafo) Gerät defekt ist und den Datenverkehr stört.
Ein weiterer Punkt könnten Interferenzen zwischen dem WLAN (eigenes und der Nachbarn) und dem ZigBee sein. Beide Standards nutzen die 2.4 GHz Frequenz.
Wie bereits in diesem Thread empfohlen, können Verzögerungen eventuell helfen. Also nicht alle Geräte auf einmal schalten, sondern nach und nach.
Zu Pkt. 2
Siehe Pkt. 1 (tlw.)
Zu Pkt. 3
Ich habe keine Sonoff Geräte im Einsatz, aber wenn sich diese nicht mal manuell schalten lassen, dann scheint es ja speziell mit diesen Geräten bzw. der App ein Problem zu geben. Wenn diese sich aufhängen könnte das eventuell ja auch auf das ZigBee Mesh Auswirkung haben und andere Geräte und Flows funktionieren dann nicht mehr richtig. Deshalb würde ich empfehlen mal diesen Thread zu lesen und/oder Dich mit einem App Diagnosebericht direkt an den Entwickler wenden.
ZigBee allgemein
Neben dem bereits genannten möglichen Problem mit dem WLAN, kann auch die Anzahl und vor allem die Reihenfolge der hinzugefügten ZigBee Geräte Probleme verursachen.
Wenn ich richtig gezählt habe, hast Du 26 ZigBee Router und 12 ZigBee Endgeräte direkt mit Homey verbunden. Zwar liegst Du mit insgesamt 38 ZigBee Geräten an der oberen empfohlenen Grenze von 40 (Link), aber eigentlich sollte das kein Problem sein, wenn die ersten 15 mit Homey verbundenen Geräte überwiegend Router sind. Könntest Du mal bitte einen Screenshot von Deinem ZigBee Mesh posten (Link)?